La Academia, en su organización interna, consta de Comisiones Permanentes:
- Matemáticas Puras.
- Matemáticas Aplicadas.
- Astronómica, Geográfica, Hidrográfica y Náutica.
- Ciencias Físicas y sus Aplicaciones.
- Química y sus Aplicaciones.
- Ciencias Naturales y sus Aplicaciones al Estudio de las Riquezas Naturales del País.
- Estudios de Obras de Enseñanzas.
- Geología y Minería.
- Agronomía.
- Meteorología.
- Cuentas.